Mega Man X3

Ученый-реплоид по имени доктор Доплер начинает создание нового города для реплоидов, который принесет новую эпоху мира для реплоидов и людей. Но что-то идет ужасно неправильно, и теперь Mavericks начали появляться везде! Это до X и Zero, чтобы выяснить, кто стоит за этим восстанием Maverick и уничтожить их навсегда!

Впервые в серии игроки могут играть, используя друга X, Zero. Тем не менее, он в значительной степени ограничен только примерно одной третью каждого уровня и имеет только одну жизнь (то есть, когда он теряет всю свою энергию, он выбывает из боя до конца игры).